計算應納稅所得額的方法主要有以下方法： 
1、減除法：將應納稅所得額減去允許減除的費用、損失、稅前扣除項目等，最終確定應納稅所得額。 
2、累進法：將上一納稅年度未納稅的所得額累計到本納稅年度，最終確定應納稅所得額。 
 
第二季度盈利了預交所得稅，第三季度虧損了，一年下來虧損了那預交的所得稅，可以根據《中華人民共和國企業所得稅法》和《企業所得稅征收管理辦法》的規定，企業可以申請退稅。企業的營業收入減去可扣除的費用，合計為應納稅所得額，如果應納稅所得額虧損，可以申請將預繳稅款退回企業賬戶。 
 
拓展知識：可減除的費用有：購買原材料、能源、支付勞動者工資、報銷差旅費、購買設備、支付稅費等。