取得免稅農產品發票是可以抵扣的，一般分為3種情況，

1、取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額。

2、從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。A企業2020年7月購進用于生產銷售稅率9%貨物的農產品，從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，票面金額9709元，稅率3%，稅額291.27元，則A企業當期抵扣進項稅額=9709*9%=873.81元。

3、取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。A企業2020年7月購進用于生產銷售稅率9%貨物的農產品，取得農產品銷售發票，票面金額10000元，稅率為免稅，稅額0元，則A企業當期抵扣進項稅額=10000*9%=900元。