依據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第五十條規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內設立不具有法人資格的營業(yè)機構的，應當匯總計算并繳納企業(yè)所得稅”。具體根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）規(guī)定進行繳納，具體如下：

1、 匯總納稅企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法；

2、 總機構和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業(yè)所得稅。二級分支機構，是指匯總納稅企業(yè)依法設立并領取非法人營業(yè)執(zhí)照（登記證書），且總機構對其財務、業(yè)務、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的分支機構。

3、 匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預[2012]40號文件第五條等相關規(guī)定執(zhí)行。

4、 以總機構名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規(guī)定相關證據(jù)證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅，不執(zhí)行本辦法的相關規(guī)定。

因此，除第4條所列情況外，分支機構繳納企業(yè)所得稅，應由總機構統(tǒng)一計算企業(yè)應納稅所得額和應納所得稅額，并分別由總機構、分支機構按月或按季就地預繳。

分支機構繳納金額，由總機構計算分配，具體是總機構在每月或每季終了之日起10日內，按照上年度各省市分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構應分攤所得稅款的比例，三個因素的權重依次為0.35、0.35、0.30，計算分支機構應分攤的企業(yè)所得稅。