您好，廣州醫保的結算流程，在《廣州市社會醫療保險醫療費用結算辦法》（穗勞社醫〔2009〕3號）中說得很詳細，可以參考一下，但各地肯定是不一樣的。根據一般醫院財務的日常操作，簡單描述一下，大概是每月、每醫保年度，在醫保pj3系統客戶端生成結算申報表，和相關文件如結算清單、各種業務申請單（轉院申請、二次返院申請……）等一并送到醫保局，等審核給錢，部分審核不通過的，就不給錢（即“醫保拒付”），貌似會拖三個月才到賬。 
 
《廣州市社會醫療保險醫療費用結算辦法》  
第二十三條 參保人在定點醫療機構就醫發生的基本醫療費用，屬于個人醫療帳戶或現金支付的部分，由參保人與定點醫療機構直接結帳付清；屬于醫療保險統籌基金支付的部分，由定點醫療機構記帳，每月匯總后向醫療保險經辦機構申報結算。 
 定點醫療機構應當于每月10日前，將上月參保人就醫發生的應由醫療保險統籌金支付的費用、個人自付費用和個人自費費用等進行匯總，報送結算表及其他規定的資料，向醫療保險經辦機構申報月度結算。 
第二十四條 二級醫療保險經辦機構收到定點醫療機構提交的醫療費用月度結算申報資料后，根據有關規定在15個工作日內完成初審，并將初審意見和有關資料送復審機構進行復審。 
第二十五條 市醫療保險經辦機構應當于接到初審意見后的15個工作日內，根據有關醫療保險規定及與定點醫療機構簽訂的《服務協議書》有關規定，對相關的醫療費用分別作出準予支付、暫緩支付或者不予支付的審核決定。 
 經復審準予支付的醫療費用，由市醫療保險經辦機構按月度結算核準金額，在作出審核決定后10個工作日內，向定點醫療機構撥付。 
 復審認定暫緩支付的醫療費用，由市醫療保險經辦機構書面通知定點醫療機構并說明原因，從簽發之日起暫緩支付的最長期限為60天。在暫緩支付期間，市醫療保險經辦機構應對該部分醫療費用進行重審。重審認定準予支付的費用，按規定結算后撥付給定點醫療機構；認定不予支付的醫療費用由定點醫療機構承擔。 
第二十六條 定點醫療機構于每年7月底前將上年度參保人發生的醫療費用匯總，報送清算申報表及其他規定資料，向醫療保險經辦機構申報年度清算。市醫療保險經辦機構收到定點醫療機構的年度清算申報資料后，在50個工作日內完成年度考核與清算。年度清算核準支付的醫療費用，市醫療保險經辦機構在作出支付決定后10個工作日內，向定點醫療機構撥付。