一般來說，旅客運輸類的增值稅專用發票應該勾選抵扣，而非申報抵扣。 
 
抵扣和申報抵扣的區別在于，抵扣是在開具發票后立即減少應納稅額；而申報抵扣則是在月末申報一個月的發票后，一起申報抵扣。 
 
旅客運輸類的增值稅專用發票都是與細微的支付有關的，稅款的繳納也極為重要。所以，一般來說，旅客運輸類的增值稅專用發票應該勾選抵扣。把發票中相關的稅額在開票時直接從客戶賬戶中扣除，減少客戶負擔，更有利于維護客戶的利益。 
 
例如，一家旅行社在開具旅客運輸類的增值稅專用發票時，應勾選抵扣，將相應的稅額從客戶賬戶中扣除，而非在月末將所有發票一起申報抵扣。