小規模納稅人增值稅會計分錄可根據各種收入和支出情況進行編制，一般可以分為三種： 
 
1、貨物銷售及相關收入： 應當按增值稅的稅率編制應稅銷售收入分錄和應稅營業稅金及附加分錄；分錄主要是把收入直接分解到應稅銷售收入和應稅營業稅金及附加項目上。 
 
2、購進貨物及相關支出： 應當按增值稅的稅率編制應交增值稅和應交營業稅金及附加分錄；分錄的主要內容是把支出直接分解到應交增值稅和應交營業稅金及附加項目上。 
 
3、應交增值稅及相關支出：應當按照實際應交的金額編制增值稅差額分錄，差額應交分錄和減免增值稅分錄；分錄主要是把支出直接分解到應交增值稅、應交增值稅差額、差額應交增值稅和減免增值稅項目上。 
 
應用案例： 
例如，某公司在某月實際支出了3500元增值稅，當月實際銷售收入僅有3000元，則應當編制增值稅差額分錄，其分錄如下： 
 
應交增值稅     3500.00 
應付賬款      3000.00 
增值稅差額     500.00