企業(yè)注銷時留抵稅額的處理方式，一般是執(zhí)行退稅流程，以完成稅收結(jié)算。退稅流程是指，企業(yè)在申請注銷登記時，向稅務(wù)機(jī)關(guān)提交申請書，并將抵扣稅額剩余部分按照規(guī)定的格式報送到稅務(wù)機(jī)關(guān)，以便由稅務(wù)機(jī)關(guān)審核并進(jìn)行財務(wù)結(jié)算。 
 
稅務(wù)機(jī)關(guān)會根據(jù)企業(yè)提交的退稅實物憑證，按照規(guī)定的財務(wù)結(jié)算方法進(jìn)行復(fù)核，復(fù)核比對后通過財務(wù)結(jié)算進(jìn)行調(diào)節(jié)，以便申請注銷企業(yè)的抵扣稅額按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行結(jié)算。 
 
企業(yè)在申請注銷登記時，應(yīng)同時提交航空、郵件、快遞等方式發(fā)送企業(yè)退稅實物憑證之類的相關(guān)材料，以便稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行登記、復(fù)核、審計等工作。退稅時，企業(yè)還應(yīng)根據(jù)稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供完整的財務(wù)信息，以確保正確的稅收結(jié)算。 
 
拓展知識： 企業(yè)注銷留抵稅額應(yīng)及時處理，這樣可以避免申請注銷企業(yè)造成的不必要的稅收負(fù)擔(dān)，同時也能保證企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營的正常進(jìn)行。此外，企業(yè)還應(yīng)定期查看稅收繳納狀況，對可能對稅收收繳有不利影響的情況及時采取補(bǔ)救措施，以免造成不必要的損失。