一、購貨方已將發票認證，信息已上傳，無法刪除，而對方已將發票作廢，稽核系統將出現比對不符，稅務總局將肯定會通過《增值稅抵扣憑證審核檢查管理系統》下發核查信息給購貨方的主管稅務機關，要求核實原因的。      
二、購貨方已將發票抵扣進項稅額的處理  接到系統下發的比對異常協查信息后，如果購貨方已將該發票申報抵扣，按規定，其主管稅務機關應通過《增值稅抵扣憑證審核檢查管理系統》向銷售方主管稅務機關發出協查信息。   
銷售方主管稅務機關到銷售方企業實地核實發票作廢原因以及抄報稅情況，并通過系統回函給購貨方主管稅務機關。