（一）適用范圍不同  
 
  《小企業會計制度》適用于在中華人民共和國境內設立的不對外籌集資金、經營規模較小的企業（不包括以個人獨資及合伙形式設立的小企業）。符合《小企業會計制度》規定的小企業，按照制度規定可以選擇執行《企業會計制度》。若選擇執行了《企業會計制度》，就不能同時選擇執行《小企業會計制度》的有關規定。而《企業會計制度》的適用范圍，按照《企業會計制度》的規定，除不對外籌集資金、經營規模較小的企業，以及金融保險企業外，在中華人民共和國境內設立的企業（含公司），執行《企業會計制度》。從《小企業會計制度》的規定看，符合《小企業會計制度》規定的小企業也可執行《企業會計制度》。  
 
  （二）會計科目設置不同  
 
  《小企業會計制度》比《企業會計制度》少設了25個一級科目。原因主要有如下兩個方面：第一，小企業經濟業務相對簡單，因此可將《企業會計制度》中的部分科目進行歸并，如應收股利和應收利息合為應收股息科目，原材料和包裝物歸并為材料科目等。第二，小企業會計核算簡化或者沒有某科目所要反映的經濟業務，從而可少設。如資產科目少設了自制半成品、分期收款發出商品、各項長期資產的減值準備、未確認融資費用和待處理財產損溢；負債科目少設了應付股利、預計負債、應付債券；所有者權益科目少設了已歸還投資；損益類科目少設了補貼收入、以前年度損益調整。  
 
  （三）賬務處理不同  
 
  1.資產清查的處理不同。《小企業會計制度》中沒有設置“待處理財產損溢”科目，小企業在財產清查中發生資產的盤盈或盤虧時直接進行處理。筆者認為這種處理方法簡明扼要，與資產負債表中所反映的內容相符。而《企業會計制度》中的資產負債表中已取消了資產待處理項目，企業在編報前必須將待處理的資產進行處理，因此財產清查還要通過“待處理財產損溢”科目核算，筆者認為這是一種多余。  
 
  2.不計提長期資產減值準備。長期資產的可收回金額較難確定，計提減值準備時需要進行較多的職業判斷，而小企業會計人員少，高素質的會計人員更少，所以《小企業會計制度》僅要求對短期投資、存貨和應收款項計提跌價或壞賬準備，不要求對固定資產、無形資產等長期資產計提減值準備。  
 
  3.簡化長期投資的核算。小企業投資的業務比較少，按重要性原則對長期股權投資采用簡化了的成本法或簡化的權益法核算。