第一、醫(yī)院不是用非盈利組織會計做賬的，是用《醫(yī)院會計制度》報表跟一般企業(yè)的報表不一樣的，具體名稱：《資產(chǎn)負債表》、《收入費用總表》、《醫(yī)院收入費用明細表》、《現(xiàn)金流量表》、《財政補助收支情況表》。 
第二，免稅不免稅，是要看具體規(guī)定的。稅管員說你沒有按照非營業(yè)組織記賬可能就看你報表是一般企業(yè)報表所以就知道你沒有按照適用的會計制度做賬。 

另外：如果你們是用《民間非營業(yè)組織會計制度》做賬的，也是有專門的報表名稱的，里面的科目也是有點跟平常的企業(yè)不一樣。
一、結(jié)轉(zhuǎn)會計分錄方法如下：
1、在期末將當期非限定性收入的實際發(fā)生額、當期費用的實際發(fā)生額和當期由限定性凈資產(chǎn)轉(zhuǎn)為非限定性凈資產(chǎn)的金額轉(zhuǎn)入非限定性凈資產(chǎn)。

2、非限定性凈資產(chǎn)處理如下：
  ● 期末，將各收入類科目所屬“非限定性收入”明細科目的余額轉(zhuǎn)入本科目，借記“捐贈收入、會費收入、提供服務收入、政府補助收入、商品銷售收入、投資收益入、其他收入轉(zhuǎn)入非限定性收入”科目，貸記本科目。
  ● 同時，將各費用類科目的余額轉(zhuǎn)入本科目，借記本科目，貸記“業(yè)務活動成本”、“管理費用”、“籌資費用”、“其他費用”科目。
  ● 如果限定性凈資產(chǎn)的限制已經(jīng)解除，應當對凈資產(chǎn)進行重新分類，將限定性凈資產(chǎn)轉(zhuǎn)為非限定性凈資產(chǎn)，借記“限定性凈資產(chǎn)”科目，貸記本科目。
  ● 如果因調(diào)整以前期間收入、費用項目而涉及調(diào)整非限定性凈資產(chǎn)的，應當就需要調(diào)整的金額，借記或貸記有關科目，貸記或借記本科目。
  ● 本科目期末貸方余額，反映民間非營利組織歷年積存的非限定性凈資產(chǎn)。

2、限定性凈資產(chǎn)的主要賬務處理如下：

（一）期末，將各收入類科目所屬“限定性收入”明細科目的余額轉(zhuǎn)入本科目，借記“捐贈收入——限定性收入”、“政府補助收入——限定性收入”等科目，貸記本科目。
（二）如果限定性凈資產(chǎn)的限制已經(jīng)解除，應當對凈資產(chǎn)進行重新分類，將限定性凈資產(chǎn)轉(zhuǎn)為非限定性凈資產(chǎn)，借記本科目，貸記“非限定性凈資產(chǎn)”科目。
如果資產(chǎn)提供者或者國家有關法律、行政法規(guī)要求民間非營利組織在特定時期之內(nèi)或特定日期之后將限定性凈資產(chǎn)或者相關資產(chǎn)用于特定用途，該限定性凈資產(chǎn)應當在相應期間之內(nèi)或相應日期之后按照實際使用的相關資產(chǎn)金額或者實際發(fā)生的相關費用金額轉(zhuǎn)為非限定性凈資產(chǎn)。
（三）如果因調(diào)整以前期間收入、費用項目而涉及調(diào)整限定性凈資產(chǎn)的，應當就需要調(diào)整的金額，借記或貸記有關科目，貸記或借記本科目。
（四）本科目期末貸方余額，反映民間非營利組織歷年積存的限定性凈資產(chǎn)。