《國家稅務總局關于營改增后土地增值稅若干征管規定的公告》 （國家稅務總局公告2016年第70號）第三條第（一）項規定，營改增后，計算土地增值稅增值額的扣除項目中“與轉讓房地產有關的稅金”不包括增值稅。

  《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字[1995]6號）第七條規定，條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為：（五）與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的增值稅、城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。

  根據上述法規規定，清算土地增值稅時可以扣除的稅費包括：城建稅、教育費附加、地方教育費附加，但是不包括增值稅、企業所得稅。