增值稅專用發票開具紅字發票的申請流程分為三步：紅字信息表填開、接收校驗通過信息表、銷售方開具紅字發票。納稅人可以通過金稅盤或稅控盤兩種開票系統進行申請操作。

第一步：填開并上傳《增值稅專用發票紅字信息表》

兩種申請方式：購買方申請和銷售方申請。

1、購買方申請

(1)購買方取得專票已抵扣情形：

購買方在增值稅發票管理新系統中填開并上傳《紅字信息表》，在填開《紅字信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。

購買方在當期申報時依據《紅字信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與《紅字信息表》一并作為記賬憑證。

注意：購買方已經抵扣進項發票的選擇【已抵扣】;購買方于非申報期已認證通過但是未申報抵扣進項發票的，依然是選擇【已抵扣】，待申報期時需要申報抵扣該筆進項稅額。

(2)購買方取得專票未申報抵扣情形：

購買方取得專用發票未申報抵扣，且發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方可在開票系統中填開并上傳《紅字信息表》，填開《紅字信息表》時應填寫對應的藍字專用發票信息。

注意：購買方未申報抵扣進項發票的選擇【未抵扣】。

2、銷售方申請

銷售方開具專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在開票系統中填開并上傳《紅字信息表》，銷售方填開《紅字信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。

第二步：接收校驗通過信息表

主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《紅字信息表》，系統自動校驗通過后，生成帶有“紅字發票信息表編碼”的《紅字信息表》，并將信息同步至納稅人端系統中。

納稅人也可憑《紅字信息表》電子發票信息或紙質資料到稅務機關對《紅字信息表》內容進行系統校驗。

特別提醒：填錯的信息表未上傳時，可直接在開票系統中作廢;一旦上傳成功，納稅人端便不能修改或撤銷。應憑已開具《開具紅字增值稅專用發票信息表》全部聯次和《作廢紅字發票信息表申請表》(加蓋公章)到辦稅服務廳辦理信息表的作廢。

第三步：開具紅字專用發票

銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《紅字信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具，紅字專用發票應與《紅字信息表》一一對應。

特別提醒：沒有上傳成功的信息表可以重復進行上傳，上傳成功也審核通過的信息表，沒有開具負數發票的前提下可以重新下載。

3、小規模納稅人代開的專用發票，如何開具紅字？

稅務機關為小規模納稅人代開專用發票，需要開具紅字專用發票的，按照一般納稅人開具紅字專用發票的方法處理。納稅人請攜帶已開具發票各聯次、開具紅字發票的書面證明材料、經辦人身份證明(經辦人變更的還需提供復印件)，到稅務機關窗口辦理。

4、開具紅字增值稅普通發票特別提醒

納稅人需要開具紅字增值稅普通發票的，銷售方必須收回原發票并注明“作廢”字樣或取得對方有效證明，通過開票系統開具對應紅字發票。

提示：可以在所對應的藍字發票金額范圍內開具多份紅字發票。

電子發票系統不支持作廢操作，發生退貨、電子發票開具有誤等情況，開票人應通過開具紅字發票進行沖減。電子發票開具紅字發票，需要與對應的物流、資金流信息一致。