一、增值稅一般納稅人進口貨物取得屬于增值稅扣稅范圍的海關繳款書，2017年7月1日前開具的180天內，2017年7月1日及以后開具的360天內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》（包括紙質資料和電子數據，以下簡稱《抵扣清單》）申請稽核比對，逾期未申請稽核比對的不予抵扣進項稅額。
二、每月申報期內，稅務機關向納稅人提供上月《海關進口增值稅專用繳款書稽核結果通知書》（以下簡稱《稽核結果通知書》）。
對稽核結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核結果的當月申報期內申報抵扣，逾期不予抵扣。
對稽核結果為不符、缺聯、重號的海關繳款書，納稅人應以海關繳款書原件為依據，逐一進行核對，并區別情況按以下要求處理：
（一）屬于納稅人信息采集錯誤的，納稅人可在主管稅務機關提供稽核結果的當月申請數據修改，再次稽核比對，稅務機關次月申報期內向其提供稽核比對結果，逾期未申請數據修改的不予抵扣進項稅額。
1、納稅人重新采集數據的時間仍在報送期限（海關繳款書開具之日起90天）內的，可通過企業電子報稅管理系統（下稱電子申報軟件）重新采集，并報送主管稅務機關再次稽核比對。
2、納稅人重新采集數據的時間已超過報送期限的，可在主管稅務機關提供稽核結果的當月，向主管稅務機關填報《稽核異常海關進口增值稅專用繳款書核對申請表》申請數據修改，再次稽核比對。
（二）不屬于采集錯誤，納稅人仍要求申報抵扣的，由主管稅務機關組織審核檢查。經核查海關繳款書票面信息與納稅人真實進口貨物業務一致的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期不予抵扣。
三、納稅人應在“應交稅金”科目下設“待抵扣進項稅額”明細科目，用于核算納稅人已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額。納稅人取得海關繳款書后，應借記“應交稅金———待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關科目；稽核比對相符以及核查后允許抵扣的，應借記“應交稅金———應交增值稅（進項稅額）”專欄，貸記“應交稅金——待抵扣進項稅額”科目。經核查不得抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅金———待抵扣進項稅額”，紅字貸記相關科目。
四、增值稅納稅申報表及“一窗式”比對項目的調整規定：
（一）非輔導期一般納稅人在2009年4月申報期，仍按《國家稅務總局關于加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發票管理有關問題的通知》（國稅函〔2004〕128號）等有關規定申報抵扣稅款所屬期為2009年3月的海關繳款書，并報送《抵扣清單》。
（二）輔導期商貿企業一般納稅人2009年4月納稅申報期仍按照《國家稅務總局關于加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的緊急通知》（國稅發明電〔2004〕37號）等有關規定，報送海關繳款書待抵扣清單，并申報抵扣2009年3月稽核比對相符的海關繳款書。
（三）自2009年5月申報期起，納稅人在申報期內可通過主管稅務機關辦稅服務廳或網上辦稅服務廳下載《稽核結果通知書》及清單，并把清單數據導入電子申報軟件進行申報抵扣。其中：已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額填入《增值稅納稅申報表》。