您好，代發工資應該由支付單位代扣代繳個人所得稅。 
《個人所得稅法》第八條 
個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。個人所得超過國務院規定數額的，在兩處以上取得工資、薪金所得或者沒有扣繳義務人的，以及具有國務院規定的其他情形的，納稅義務人應當按照國家規定辦理納稅申報。扣繳義務人應當按照國家規定辦理全員全額扣繳申報。